LAS BIOS DE JESUS FURY PRESENTAN: CHARLES XAVIER CONCLUSIÓN

Ya revelado como mutante, Xavier realiza discursos sobre la tolerancia mutante. También funda la Corporación X (que no debe ser confundida con los X-Corps) cuyo propósito es vigilar los derechos mutantes y ayudar a los mutantes necesitados. Como resultado de su revelación, la escuela deja de esconderse como escuela de mutantes y abre las puertas a más mutantes e incluso humanos. Un estudiante llamado Quentin Quire y miembros de su grupo empiezan un alboroto en el Instituto Xavier. Como resultado, Quire y otros dos estudiantes son asesinados. Inseguro acerca de la validez de su sueño, Xavier anuncia a Jean Grey como su sucesora. Xorn lesiona seriamente a Xavier y destruye Nueva York. Los X Men asesinan a Xorn, pero no antes de que él asesine a Jean con un ataque electromagnético.
Después de la muerte de Jean Grey, Xavier deja la escuela en manos de Cíclope y Emma Frost, y viaja a Genosha, donde se encuentra con el verdadero Magneto. Los dos resuelven sus diferencias y acuerdan restaurar su amistad mientras trabajan juntos para reconstruir y reestablecer el orden en la Isla Nación destruida. En la mansión, la Danger Room, la cámara de entrenamiento de simulación de los X-Men, asume forma humanoide, se autodenomina Danger y ataca a los X-Men antes de marcharse para asesinar a Xavier. Con la ayuda de Magneto, Xavier retiene a Danger hasta que los X-Men llegan. Danger huye, pero no sin antes revelar a Coloso que Xavier sabía de su forma humanoide y su capacidad para sentir desde su última actualización. Coloso se ve especialmente ofendido y Xavier, avergonzado, intenta explicar que cuando descubrió el suceso ya no podía hacer nada al respecto. Los X-Men, enfadados, se marchan.
La Bruja Escarlata provoca la muerte de varios Vengadores, y Magneto la lleva con Xavier para pedirle que use sus habilidades mentales para ayudarla. Sin embargo, Xavier no lo logra. En las series limitadas de Dinastía de M, Xavier ordena una reunión para los X-Men y los Vengadores, en la cual se decidiría el destino de Wanda. Su hermano, creyendo que los héroes planeaban asesinarla, se marcha de Genosha y convence a Wanda de seguir usando sus poderes para alterar la realidad. Wanda accede y hace del mundo un lugar donde los mutantes son la mayoría, los humanos la minoría, y Magneto, su líder. En esta realidad, Xavier está presumiblemente muerto.

Después de que la mutante Layla Miller restaura las memorias de algunos de los X-Men y Vengadores, se encaminan a Genosha, donde descubren que Magneto ha erigido un jardín conmemorativo de la muerte de Xavier. Horrorizados, descubren cuando el superhéroe Capa investiga el interior de la tumba, que el cuerpo no se encuentra allí. Después de una batalla, la Bruja Escarlata usa sus poderes nuevamente para restaurar la realidad y causa la pérdida de poderes de un 91,4% de los mutantes, dejando la raza mutante en extinción y provocando que los poderes perdidos se convirtieran en una masa de energía, the Collective. En esta nueva realidad, Xavier está aún desaparecido y los X-Men son incapaces de localizarlo con Cerebro.

En las series limitadas Deadly Genesis se revela que antes de enviar al nuevo equipo de X-Men a rescatar a los otros en Krakoa, Xavier había enviado a otro equipo de los estudiantes de Moira, entre ellos al hermano desaparecido de Cíclope, Vulcan)). Todos, excepto Cíclope y Vulcan fueron asesinados. Cíclope escapó, pero cuando se reencontró con Xavier, él borró de su memoria el recuerdo traumático de su recién encontrado hermano muriendo para salvarlo. Entonces formó otro nuevo equipo de X-Men para rescatar a los otros en Krakoa, y nadie más volvió a oír de los estudiantes de Moira.

En la era moderna, the Collective revive a Vulcan, y el joven enfurecido atacó a los X-Men, causando que Xavier saliera de su escondite; sus piernas habían sido sanadas tras los acontecimientos narrados en Dinastía de M, aunque ya no era un mutante. Vulcan pidió a Xavier que contara a los X-Men lo que hizo. Después de la derrota de Vulcan y su huida al espacio, Cíclope le cuenta a Xavier que ya no es querido en la Mansión, debido a sus actos, aunque algunos de los otros estudiantes tendían a perdonarlo con más facilidad.

A pesar de los sentimientos de Cíclope, Xavier forma un nuevo equipo en Uncanny X-Men número 475 para enfrentarse a Vulcan antes de que pudiera ejecutrar su venganza contra el Imperio Shi'Ar. De camino al Imperio, es abducido por los agentes del Shi'ar y el Vice-canciller K'Tor. Más tarde es arrojado dentro del Cristal de M'Kraan por Vulcan que había contraído matrimonio con Deathbird en el Mundo Sin Nombre.

Una imagen promocional de la serie de historias World War Hulk muestra a Hulk ahorcando al Profesor X.

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